有給休暇がマイナス、会社が勝手に有給休暇扱いにしている。事について質問です。

Question

有給休暇がマイナス、会社が勝手に有給休暇扱いにしている。事について質問です。私が勤めている会社では、有給休暇を使い切ってしまった社員に対しては、欠勤で、会社には申請していても、有給休暇残日数がないにもかかわらず、有給休暇扱いとし、さらにはマイナスというかたちで処理しています。会社側に質問した所、社員の生活を守る為、給料減ったら困るでしょ？と回答がありました。有給休暇のマイナスは困るので、会社側には賃金の返還をしたい、また今後このような事がないように欠勤扱いでお願いしますと言ったのですが、それはできないと言われました。
その後、賞与支給時期なり、今後は有給休暇取得社員は査定でマイナス評価になりかねないと従業員に説明がありました。
欠勤ならばある程度はわかります。
私はこの会社に入ってから心臓の病にかかり月に一度は診察が必要、体調が悪い時には休まざるをえません。
ご回答をお願いしたいのは、
①欠勤で申請しているのにも関わらず、会社が勝手に有給休暇扱いとして、さらにはマイナスとしている事は違法なのか。
②今後、会社に欠勤扱いで処理させるためにはどうすれば良いのか。
③賞与の査定に有給休暇を取得した者はマイナス査定となり、賞与が減額され事は違法なのか（賞与の査定理由でもし、貴方は有給休暇が多いからと説明があったななば）。
④労使協定ではこのような事は結ばれているのか。
です。ご回答をお願いします

Answer 1

微妙な所です。時季変更権と会社が捉えた場合は会社側で有給扱いにする事ができます。
ただ、質問者様のケースに該当するとは私は思わないです。

https://roudou-bengoshi.com/yasumi/6780/#index_id2

①使いたくないのに有給休暇を消化させられてしまえば、違法とされています。

②「自分は有給休暇を使うつもりはない」という意思表示を明確にする。この場合会社に意志を伝える事になるかと。

③有給休暇の使い過ぎで評価を下げるのは違法とされています。 付与された有給休暇の取得は従業員の権利であるためです。
https://onehr.jp/column/attendance/paid-leave-using-too-much/#:~:text=法も紹介-,有給休暇の使い過ぎで評価を下げるの,も少なくないでしょう%E3%80%82

④労使協定に関してはどのような書面のやり取りをしたのか不明ですが、上記の通り法律で違法扱いとなっております。

全体的として、ややこしくなる様なら労働基準監督署や弁護士に相談をする事をお勧め致します。

Answer 2

法定の年次有給休暇を使い切ってすでにない場合に、会社が独自に有給を与えることは問題ありません
（有給というか、欠勤分の賃金控除がない？）

月の賃金が控除されなくても、欠勤には違いないのでボーナスに査定に影響しても問題ありません（法定の年次有給休暇の使用ではないので）

毎月の賃金からは控除されない＋ボーナスでマイナス査定
毎月の賃金から控除＋ボーナスでマイナス査定
前者の方が年収が多く労働者に有利です

問題があるとしたらマイナス分が翌年の有給付与日数に影響するかどうかです

法律で決まっている付与日数を下回ることができないのに、会社が翌年付与される日数からマイナス分を差し引いて法定よりも少ない日数しか使わせないのは問題あります

マイナス分があっても翌年の付与日数に影響なく法定分を付与されるなら問題ありません