あなたの雇用契約による。残業手当が給与に組み込まれている場合もある。
休日は契約で振替ができるので、そこに該当しているかもしれない。
もし、純粋に残業手当等未払いであるなら、そこそこブラック企業で、そこでずっと働くことは厳しいかもしれない。
時間管理はどのようにされているか分からないが、就業の打刻等の履歴で時間管理ができているならそのデータ、特になければ、手帳に毎日就業開始、昼休み、帰宅時間を書いておいて、過去3年分は請求できるので弁護士に依頼すればいい。退職金なんて大して出ないだろうが、その分はそこそこ出ると思う。