パート先の会社に前々年の税金の未払い分を給与から引かれたのですが、仕方なかったのかモヤモヤしています。 置かれてい…

Question

パート先の会社に前々年の税金の未払い分を給与から引かれたのですが、仕方なかったのかモヤモヤしています。

置かれている状況は以下の通りです
・パートをはじめて3年目
・給料は主人の扶養内(年収75万程度)
・パートとは別に日雇いで掛け持ちの仕事もしている(月2万程度の収入)
・掛け持ちをしているため自身で確定申告をしている

パート1年目は半年間勤務して、年明けに確定申告をするための「支払い調書」を出してもらいました。
この年は毎月私から前月働いた分の「請求書」を自身で作成して会社に提出、翌月に口座に振り込まれていました。
交通費は別で手渡しでいただいていました。
社内働いていましたが、「外注」のような立場だったのかなと思います。

2年目から給与の受け渡し方が代わり、社員の方と同様に「給与明細」をいただき口座に振り込まれる形になりました。
よって自身で作成していた「請求書」の必要がなくなりました。
交通費も給与とともに口座に振り込まれていました。
2年目も掛け持ちの仕事があったので確定申告をするために支払い調書をお願いしたところ、「源泉徴収票」をいただきました。
そしてその源泉徴収票をもとに確定申告を提出しました。

問題は1年目の方になります。
先月会社から「1年目の分の確定申告で源泉徴収票が提出されていなかったから、税務署から注意がありました。未納分を会社から支払わなきゃいけないので来月の給料からその分を引いておきます」と言われました。
私は「1年目は源泉徴収票をいただいていなかったので支払い調書を確定申告の際に提出しました」と伝えたのですが、取り合ってもらえませんでした。

1年目は初めて確定申告の書類を自身で作成したので、もしかしたら不備があったのかなと思っていたのですが、時間が経つにつれてもし不備があったのならなぜ直接私に請求がこないのだろう？
と思うようになりモヤモヤしてきました。
無知な私にも理解ができるようご説明いただける方がいらっしゃいましたらご回答をよろしくお願いいたします。

Answer 1

おそらく、税務署の調査等で一年目の外注費が否認されたんだと思います。
消費税回避のため、又は労基法適用除外のために給与を外注費として処理する会社は多いです。
申告して、今回追加徴収された分の還付を受ける方法はありますが、いまさら、給与所得として申告のやり直しは受け付けてもらえない可能性が大きいです。
税務署から見たら、会社も貴方も不正の当事者ですから。

Answer 2

確定申告でも、雇用されてる期間があるなら源泉徴収票添付の確定申告が必要です。
納得いかない場合は、会社が支払った納付書持参で税務署で直談判してください。

詳細は、質問文だけでは分かりません。
ご自身で税務署にお越しになることが納得される早期解決になります。

Answer 3

状況を市役所に言って、納得いくように説明して貰えばいいと思います。
確定申告をしたのならば住民税の計算もされていると思います。推測ですが、1年目の報酬（外注扱い）が給与になってしまったのではないでしょうか。もしそうであれば、1年目の確定申告もやり直す必要があります。