平均年収だと、28歳では年収400万弱という統計なので、そういう意味では安くはないでしょうね。
ブルーカラーに比べるとちょっとは高めだとはいえ、SEはけして給料の高い職種ではありませんし。
年俸制や見なし勤務制で残業代が個別につかないのは普通ですね。
その分、もし暇になって毎日定時で帰ったとしても給料は減りませんし。(まあ普通そんなことは無いわけですがね^^;)
ただ、年俸制とはいえ、多くの会社は労働協約などで、給料に含める月の残業時間を決めていると思います。
もし、それを超えているようなら、その分は追加請求できますね。