一部歩合制の正社員についての勤務時間について。

Question

一部歩合制の正社員についての勤務時間について。24時間稼働している職場で、管理職ではない直属の上司から出勤時間、退勤時間を言われるような職場です。（午前3時に仕事が終わって、朝6時から出勤してください、など。）
歩合給は、職務を完遂した時点で支払われるもので、完遂するために何時間費やしても給料には反映されません。
例えば日給3000円+歩合1000円の仕事で、30分で仕事が終わっても8時間掛かっても会社的には問題ないって感じです。
あくまで極端な例ですが、客先の意向で待たされることがあるので、実際にある事例です。

以下、質問なのですが、

①タイムカードのような、機械的に勤務時間を把握する物がない、または会社側が出勤時間や退社時間を把握しようとしない（朝礼や点呼などがない、出勤時間の決まりがない、残業を監督する部署がない）会社は、何を根拠として労働時間を算出しているのでしょうか。
そもそもあり得ない、違法じゃないかって疑問があります。

②この様な会社の場合は、会社側が従業員に勤務時間を任せている（勤務時間は従業員次第）ので、①が成立すると労働時間は従業員の申告次第という考え方で大丈夫しょうか？。従業員の労働時間の申告に対して、会社側はどう言い訳するのでしょう。
雇用契約は8時～17時（休憩1時間）だったかと思うのですが、実際の労働時間は昼夜関係せずに5時間で済む事もあれば、20時間を超える事もあります。

③会社側が出社、帰社時間など、労働時間を曖昧にすることって、会社側にメリットがあるのでしょうか？
従業員から訴えられたら、会社側が反論できなくなると思うのですが。

今回の質問の趣旨として、そもそも労働時間が定まらない事で「早出、残業」の概念が定まらない事が問題かと思います。
1日の労働は8時間で、それを超える場合は残業として考えるのは理解できますが、出勤時間が定まっておらず、歩合給という制度がありますので、時給を考える際の始点や終点が定まりません。

歩合給＝インセンティブかと考えていたのですが、基本給が最低時給を下回っている場合、歩合給も含めて最低時給を計算しなければいけないと学びました。
歩合給と最低時給の事例を調べると、不動産などの営業職、ドライバー職が多いかな？って感じました。

①②③と分けて、ご回答を頂けると分かりやすいのでありがたいです。

Answer 1

従業員の就業形態がよくわからないのですが、客先常駐というか、一旦出社してからおのおの命じられた客先に向かい、業務終了すれば帰社せずに直帰可、もしくは帰社するのでしょうか。

まず、事業者には、労働安全衛生法により労働者の労働時間の客観的把握義務を課してあります。直接的には上司が現認することですが、それに代えてタイムカードといった記録モノ、それとも自己申告も可としています。それぞれに事業者が勝手（偽装）しないようガイドラインを定めてあります。

１）については、２、３で言われているように、自己申告で、記載になんら制約（例：８時間以上つけるな）を設けていないなら、問題ないことになります。自己申告すら受け付けていない、というなら改善指導報告ものでしょう。なお、上司が外出中の部下の動向把握が難しい場合、事業場外のみなし時間という扱いがあります。所定労働時間働いたとみなします（１）が、８時間超える作業には、必要時間が何時間かを設定しておくこと（２）になります。みなしを導入しているなら（１）または（２）によることができます。会社の携帯スマホをもたせているなら、動向把握できますのでこのみなしは使えないでしょう。

時間外割増については、８時間こえた自己申告に対し、日給しか払わないのは違法です。
最低賃金については、歩合給とあわせて求め方が例示されています。時間外割増も、歩合給こみでの算出となります。

Answer 2

①外回りなどで直行直帰が許されている場合に限り、労使の合意（過半数による労働協約）でみなし労働時間制として、一日の労働時間を何時間とみなすことは許されています。
それがなければ労働時間を管理する義務が会社にはあります。

②③判例では労働者がメモなどで記録した労働時間がある程度認められています。
会社が反証できないからです。
反証を要する理由は①の会社に課せられた労働時間管理義務です。