入院しているなら、手続きができるように助力義務が勤務先にありますが、被災労働者を労基署に行かせ手続させてください。本人義務です。
工事現場で負傷したのでしたら、現場元請の有期労災保険を使います。御社事務所で負傷したのでしたら、御社加入の継続事業の労災保険です。会社は保険番号記入、本人記入の内容を証明する形で社判をおすことになります。
なお、休業4日以上は、死傷病報告を即刻労基署にだしてください。これをしないと、労災隠しになり、処罰されます。(労災保険でお手当しないことは労災隠しではありません。念のため)