有給休暇を使って、出勤日数を補填しろと言われたんですが、本来の使い方と違うのでは無いでしょうか？

Question

有給休暇を使って、出勤日数を補填しろと言われたんですが、本来の使い方と違うのでは無いでしょうか？簡単には言うと守衛さん、といった業務が分かりやすいと思うのですが。話は同僚の一人が急に退職したので作業日数が増えた事に始まります。
作業時間は17時から翌日の9時までの16時間。月平均で14.5日といった感じです。
これが一人が辞めた分を負担するので18日位の作業日数になります、増えた分だけ休日出勤扱いになるのか社長に訪ねると数日後に、今まで給料は16日出勤日数で計算していた（初耳ですが）から、16日を過ぎた分だけ払うとのこと。その代わり、15日なら1日の14日なら2日の有給休暇届けを提出しろ。とのことでした。名目は追って知らせるから。そうとも言いました。
これだと、冠婚葬祭や急な病気等にも対応できないし、数年で有給休暇がなくなると思うのですが。
また、普通に休日もなくなるのではと。
業種的には、警備業にあたるので3.6協定とかは関係無いのでしょうか？
分かりにくくてスミマセン。今後どうしたらベストなんでしょうか？
会社の規模は300人程度で、各企業に出向して受け付け業務をする感じです。

補足

ご回答いただいた方有り難う御座います
仮眠時間を3時間半含むです。
有給が年間で10日増えて2年間で何もしなければ20日間になる感じですか。
今までは、常時20日残っている状態でした（運良く不幸も無く）、ただ、同僚が簡単な入院の治療のとき使わせてもらえなかったようです。
一回労基署に話に行って見ます。

Answer 1

とりあえず、労働局の総合労働相談コーナーに行くのが良いと思います。
そこでいろいろ情報を得てください。

警備業だといろいろ特殊なこともありますが、基本はみんな一緒ですので、ついでに有給休暇や労働時間について勉強しておくと良いと思います。ちなみに私も同業です。

質問内容をみるかぎり、会社には違法な勤務をさせている実態も見えますが、同時に、質問者の理解に不正確な点も多々見受けられます。

たとえば、有給休暇は「数年でなくなる」というより、２年で消滅します。使わなければ時効です。

また、作業時間は１６時間とのことですが、これに仮眠時間は含まれているのでしょうか。もしそうなのであれば、「仮眠時間を含む拘束時間が１６時間で、実労働時間は○○時間」というふうに書いたほうが正確です。
そして、もし仮眠時間がないのであれば、少なくとも１時間の休憩時間は必要となります。

会社が３６協定を結ばずに、８時間以上の労働をさせることは、合法的に可能な場合があります。
ひとつは変形労働時間制。
もうひとつは、労働時間上限規制の適用除外ですね。農業・水産業従事者や管理監督者、また監視断続業務従事者はそれに該当します。

質問者の会社が、監視断続業務として労基署の許可を得たうえで、３６協定を結ばずに質問者を使用している可能性もあります。

Answer 2

労働基準局に相談しましょう。