2009年6月末で退職勧奨に合意し退職しました。 2007年7月より2009年6月末まで2年間の残業代請求。 退職後…

Question

2009年6月末で退職勧奨に合意し退職しました。
2007年7月より2009年6月末まで2年間の残業代請求。
退職後遡り残業を請求し、会社側と金額は合意しました。
社会保険料および所得税の処理方法を教えて下さい？社会保険料（健保・厚生・雇用）は遡り精算することが義務ですか？
会社側から。
*標準報酬月額について。
2008年1月から3ヶ月の平均で2008年4月分より標準報酬月額を変更したそうで、
2008年4月以降再計算されています。
*雇用保険および所得税
2007年7月分から雇用保険料・所得税を再計算されています。

それにより新たな計算による合計より、それぞれ既に控除している金額の差額を
合意した金額から差し引き支払う。と通知してきました。

これは合っていますか？
これをすることによって来年度の確定申告以外、自分で何かすることがありますか？
またこの支払いの証明は会社へ請求した方がいいですか？

Answer 1

残業代が増えても時給に変化がなければ標準報酬月額の随時改定は行われません。
つまり、通常は４～６月を元に７月から改定するのであって、４月に改定するのはおかしいです。
これについては確認しておくべきです。

収入が増えた分、当然所得税は増えます。源泉徴収分はいずれ確定申告で調整するので問題はないはずですが
なにやら雇用保険についてあやしい経理をしている可能性があるので、安心はできません。
源泉徴収票記載の額が正しいかあらためてチェックしたほうがよいです。