運送業での賃金について質問させて頂きます。 日給1000円、歩合給9000円、社保完備、交通費支給、家族住居等手当あり…

Question

運送業での賃金について質問させて頂きます。
日給1000円、歩合給9000円、社保完備、交通費支給、家族住居等手当ありの状況です。客先に預けられている（仕事は客先次第）状況で、1日当たり9000円の歩合給を貰っています。
7時半から客先に移動し8時半に客先到着、17時までは客先の指示通り配送を済ませ、配送が17時を超えた際には特別手当てが出ます。
仕事が16時前に終わる事もありますし、17時以降にずれ込む事もあります。

現状、残業代という欄が給料明細にないので残業代の計算ができません。
17時以降は特別手当となり、1時間当たり1000円が支給されています。
最低賃金は980円程度だった記憶があるので、7時半～17時（昼休憩1時間）に関しては問題ないのですが、よく残業にある計算式（1.25倍）に当てはめると、残業代のみで考えると最低賃金を下回ります。
もちろん残業代のみでの計算なので、1日当たりですと残業代含めて最低賃金は保証されている状態かと思います。
各種手当を含めると賃金計算が複雑に事は理解できています。

質問なのですが、

①特別手当という名の残業代について、そもそも特別手当と残業代の違いって何ですか？特別手当だと時間外労働時とは別計算になるのでしょうか。
自営業でもなく、会社との契約上は普通のサラリーマンです。

②私の勤務体系の場合、何時から何時までが通常勤務で、何時からが残業になるのでしょうか。
私自身は、客先移動を含めて7時半からトラックに乗っているのだから、昼休憩1時間（12時～13時）を除いても午前で4時間半働いているので、通常労働が8時間と考えると午後は3時間半働けば8時間に達し、16時半以降は残業ではないかと考えています。
7時30分ー16時30分の労働（休憩1時間除く8時間）以降は残業ではないか？って考えています。
この考え方は間違っていますか？
会社によっては、週休3日制で1日12時間労働を取り入れている会社があるようなので、単純に時間だけで残業と決めつけるのが正解かどうかが分かりません。
会社側は、総合の賃金として残業を含めて最低賃金を下回っていないから問題なしという回答でした。
また、このような契約は会社としても初めての契約で、とりあえず様子を見てもらえないか？という要請がありました。
1日貸し切りという業務上、実際どのような業務になるか、どの程度残業が発生するかも会社自身も分からなかったようです。

③会社同士の契約上、荷物を下ろした時間で労働時間が計算されるので、荷物を下ろした場所から会社の駐車場までの回送が給料に入っていません。
17時以降の労働でも、例えば18時に荷下ろしを終えた状況で給料計算はストップされ、18時以降の荷下ろし地から会社の駐車場までの回送費は給料に換算されません。
私の考えでは、18時以降の回送業務は残業に当たると思うのですが、会社的には回送を含んだ業務が歩合給で、実際に荷物を運んでる際は特別手当の1000円が付くけど、空車回送は歩合給に含まれているという判断です。
残業代と特別手当の違いが曖昧なのでこのような質問になってしまうのですが、そもそも時間外での回送費が歩合給に含まれる事は普通の事でしょうか。
②の質問と同様に、そもそも残業の定義って何なのか分かりませんので、残業が歩合給に含まれているとなれば何の問題もないのかとも思いますし。

元々チャーター便（歩合が当たり前）がメインの会社のため、私自身も専属便の給料計算に慣れていません。
チャーターなら回送なんて無料が当たり前ですし、チャーター便に関しては時間外や深夜手当に関して客先が割増賃金を払うのが当たり前の環境でした（時間外は特別手当として加算されていましたが、冬季手当はスタッドレス代で消えるという説明でした）。
客先の配車表を見ると、冬季割り増し、深夜割増という欄が普通にありましたので。

①②③に対する回答を頂ければありがたいです。
私自身知識がないので、①②③の順に、何が正解で何が間違っているのかを回答して頂けると、理解しやすくて有難いのです。
会社に反論しても言いくるめられてしまう事が多いので、質問の仕事のみ拒否しようかと考えているのでアドバイスを頂ければ幸いです。

Answer 1

わからないですね、おそらく誰にもわかりません
日給1000円、歩合給9000円であれば請負になります
請負であれば事業主ですから社会保険に加入出来ません
雇用する労働者であれば、賃金は時給計算されるもので
形としては最低保障一日1000円の請負です
つまり、雇用と偽って社会保険に加入している請負ですから
正解はありません

Answer 2

①いかなる名称であろうと、変形労働時間制を採用していない限り、労働時間８時間超過分については２５％の割増賃金をつけるのが法で決められたことです。

あなたの時間外のベースとなる金額は１万円です。一日の労働時間で割ることになります。
歩合と言っても、業務をこなしたらもらえるわけですから事実上日当です。

②③あなたの考えるとおりです。

週4日、１２時間とは、上記に書いた変形労働時間制を取り入れています。
（一日の労働時間は最大１１時間で、週４０時間を超えた分が残業）