名古屋大学理化学研究科化学専攻でしょうね。 修士課程は一人で研究を続けられる能力を養うことが目的です。 博士課程になると、もちろん論文の内容や質も重視されるでしょうが、大学院の研究が企業のニーズに直結しているということは少ないです。 そこそこやっていれば、やはり旧帝大系の名大が有利でしょう。
それは専攻の中の詳細内容よその研究実績が大きな要因になるかと。 なので、大学院に入っての研究でどの程度の評価を受けるものになるのか(例えば日本◎◎学会で研究表彰など)によってが大きいかと。ですから、それらの大学院よりも下位ながらでも研究研鑽内容が上回って良かった人のほうが有利かと。つまり大学院名だけでは無理だと思いますよ。
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