使用しない年休は2年の時効で消滅してしまうとのことですが、これは必ず消滅（自然消滅）してしまうのでしょうか？

Question

使用しない年休は2年の時効で消滅してしまうとのことですが、これは必ず消滅（自然消滅）してしまうのでしょうか？私の会社では昨年度1年間休業を実施していました。
休業中に年休を取得したり残業が発生したりすると、国から受け取れる助成金が減ってしまうらしく、「休業期間中は年休を取得せずに、休業で振り替えてくれ」と会社から言われました。

私は08年度に20日年休が余っていて09年度に持ち越しました。
09年度に20日支給され、計40日になりました。
09年度にも20日使って消滅しないように…と考えていたのですが、不景気が原因で突然休業を行うことになり、上記のような理由から09年度は年休を取得していません。

労働基準法の115条では、2年の時効により消滅とありますが、このようなケースでも当てはまってしまうのでしょうか。
当てはまるというか、自然に時効が成立してしまうのでしょうか。
何だか理不尽な気がしています。
09年度に使用することが出来ず、10年度に繰り越すことができない（08年度支給分の）年休を、何とか10年度に繰り越して使用できないか…と会社に交渉をしてみたいのですが、交渉の余地はあるでしょうか。

労働基準法には時効（消滅時効）そのものについては記載が無いようですが、民法の145条では「時効の援用」ということで、「時効を取得します」という意思表示をしない限り時効は成立しないというようなことが定められていると思います。
2年経てば当然の如く消滅するというようなものでなくて、「2年経ってしまったから使っていない年休は消えますよ」と会社が主張することで初めて時効によって年休が消滅するのかと思います。

今回は「09年度は年休を使わないでくれ」という会社の都合に協力したのだから、持ち越しの特例を認めて欲しいと会社に言いたいのですが、このような主張はどうでしょうか。
法的な根拠も付け加えていただけると助かります。

補足

休業は期間が1年間ということで、実質の日数は年間24日でした。通常貰える20日より多いですし、賃金保証も90%だったので、賃金的な意味では22日くらいの年休には相当してますので、不利益とまでは思っていません。ただ、自由に年休が使えず（月２日ずつ取得しろ等）、不便でした。「損してないからいいでしょ」で済ますのはどうかな～と思っています。

Answer 1

＞時効で消滅するというが、会社側は時効の援用をしていないではないか？

おそらく、時効の援用をしていると思います。
普通の会社では、就業規則に年休に関する規定をおき、その中で日数、繰越の取り扱いなどを定めています。その中で、年休請求権は２年間と規定していれば、それは時効の援用そのものといえます。
就業規則等の規約を確認してみてください。

＞会社の業務都合に協力する形で（指示により）０９年は年休を休業に振り替えたのだから会社は０８年の年休で０９年に未使用だったものを１０年に使用する事を事を認めるべきではないか？

０８年の未使用年休を１０年に使用する事は一般的に労働者に有利になると考えられますので、やろうと思えば可能です。
ただし、それは法律上の当然の権利ではなく、あくまでも労使双方の話し合いによる合意の年休（休暇）となります。
実施する場合は、現行の就業規則の特例規定を設ける必要があります。
また、会社側はこの要求に応じる法律上の義務はありません。

Answer 2

労働基準法では時効の中断については特に定めていません。
つまりその場合は民法に従うことになります。
民法についてはあまり詳しくないので詳しく言及するのは避けますが、会社が認めるor裁判で時効の中断を請求するのどちらかになります。

もし裁判してまで有給休暇がほしいのならば別ですが通常はあきらめるしかありません。
ちなみに現在休業中であればその期間は有給休暇の計算の期間外になります。
1年間のうち使用者の責に帰すべき事由による休業期間以外で所定労働日に8割出勤していればまた有給休暇がもらえますので
安心してください。（1年間全て休業であれば残念ですが・・・）

（補足）
休業中も9割補償してもらっているのですね。
通常6割で済ませるところを9割もらっているので相当待遇が良いかと思います。
法律上の権利を最大限使いたいのはわかりますが、優遇してもらっている以上は贅沢を言うのはいかがなものかなぁと思います。
とりあえず良い会社でよかったですね。