恐らく回答はないと思われますので、私の推測でよければ。
多分ベースは羽田だけだと思われます。千歳ベースを設けますと、それなりの
事務方を配置しなければなりませんので無駄が多くなります。
ANA も以前は羽田と伊丹にベースがありましたが、今では羽田に集約しています。もちろん成田ベースもありません。
北海道からの早朝便は運航宿泊で対応できます。
検索しますと、北海道には旭川、函館などに就航していますが、早朝便を出すにしても千歳ベースから陸路で移動するなど効率が悪すぎますので、運航宿泊で対応する方が理にかなっています。