給与計算の際、自然災害や人身事故による交通機関の遅延での遅刻した分を、その月の時間外労働から控除しても良いものでしょうか…

Question

給与計算の際、自然災害や人身事故による交通機関の遅延での遅刻した分を、その月の時間外労働から控除しても良いものでしょうか。例えば、台風によって始業9時のところを15時に出社した場合、5時間分を、その人の時間外労働10時間から差し引いて、5時間分として支給する計算です。
前任の事務の方からこの様に教わっているのですが自分の中で納得出来ていないので、詳しい方いらっしゃいましたら御教示いただけると幸いです
宜しくお願いいたします。

補足

会社として、遅延証明を提出していれば、遅刻扱いとはしていません。

Answer 1

差引く金額と差引かれる金額が同額であれば意味がありません。
遅刻による減額は基本給部分からの減額とするのが一般的です。
一方時間外労働による支払い額は残業代となります。
給与明細および賃金台帳上の表示項目が異なりますし、正しい時間外労働時間を把握することも難しくなります。

Answer 2

他の日の時間外労働から差し引いては行けません。
時間外労働をしたのは事実なのに、それを無かったことにして賃金を払わなかったら賃金未払いになります。

遅刻分を給与から差し引くとしても
例えば時給1000円とすると
5時間なら1000円×5時間＝5000円
5時間残業分は1250円×5時間＝6250円
6250円引いたら時間外手当(1250円)まで払わないことになり違法です。