私の会社は、少し給与を高くする代わりに、各自そこから交通費を賄って下さいと言われています。

Question

私の会社は、少し給与を高くする代わりに、各自そこから交通費を賄って下さいと言われています。しかし、その分所得税が多く課せられてしまっているので、できればきちんと『交通費』として別途にして非課税対応にしてもらいたいのですが、会社にとってのメリット・デメリットがわからないので、今は何も言えずにいます。交通費という非課税の支給金が発生することで、会社に負担がかかってくるのでしょうか？ あと、給与所得控除申請についても、会社側にどんなメリットとデメリットが発生するのか知ってる方がいましたら教えて下さい。

Answer 1

会社にとっては、どちらであっても「賃金」には変わりがないので、税法上も社会保険上も損得はありません。
きっと個人の申請に基づき適正な通勤手当を支給する手間が面倒なのでしょうね。
会社の姿勢としては、労働の対価として支払っているのは同じだし、
寧ろ成果が反映される給与額が大きいほうが社員にとってもいい（モチベーションもあがるだろう）ということなのでしょう。
そして、住んでいるところによって（成果とは無関係に）賃金額に差が出ることがNGだという考えが根底にあるからなのでしょう。

会社の方針なのだから、規則なのだから、それでいいのではありませんか？
税金で目減りする手取り分を成果で稼げばいいではありませんか。
通勤手当として別枠で貰ってないのだから、途中、自転車を利用しても、徒歩であっても、
”不当利得”（虚偽の申告をして利益を得ること）には当たらないわけですから、
社員の選択範囲も広がるというものではありませんか？
何事もプラス指向で考えましょう。

（損得勘定の話で追記）
通勤手当も含めて給与一本で支給しているということは、会社にとってのデメリットもあります。
例えば残業手当です。基礎となる固定給部分（基本給）が大きければ大きいほど残業単価も大きくなります。
それから賞与や退職金です。基本給を算定の基礎としている場合は、これまた比例して大きくなります。
これらは逆に言い換えれば社員にとっては大きなメリットですから、それを糧にモチベーションを高めて、仕事に臨んでください。

Answer 2

>交通費という非課税の支給金が発生することで、会社に負担がかかってくるのでしょうか？

単に、総額の問題ではないかと推測します。
『交通費は自腹で給与を高くした場合＜交通費を支給し給与を安くした場合』

社会保険料等は、交通費を含んだ額で計算するので、総額が低ければ会社の負担も低くなります。
非課税は、給与を支払われる側に影響するだけで、会社側には何ら影響は出ませんので・・・・。

>給与所得控除申請についても、会社側にどんなメリットとデメリットが発生するのか

メリットもデメリットもありません。
会社は、給与を支払われる従業員個人が納める税金を、本人に代わって代理納付しているだけです。
個人の納付する税金が、多かろうが、少なかろうが、会社にとっては金銭的には１円の損得もありません。
わざわざ手間暇をかけて、毎月、年末調整など、従業員の負担を軽くし、税務署に協力しているだけです。
いわば、会社は善意の第３者。

「給与所得控除申請」は、会社が源泉徴収を行うにあたり、個々の事情を申告させ、それに応じて
処理をするための用紙にしかすぎません。
（保管義務はあり、税務署から開示を求められたら開示しなければなりません）

会社に「給与所得控除申請」を出さないと、個々の事情が不明なので、給与から控除される
源泉徴収は高くなります。
そんな人は、自分自身で確定申告を行うことで、個々の事情に応じた源泉徴収額になると言う訳です。

こんなので、ご理解していただけたでしょうか・・・・。