求人に応募条件として「弥生会計の実務経験がある方」等と書かれていなければ、大丈夫ではないでしょうか。
質問者様のご年齢が若く、総務経理の実務経験が3年以上あるのなら、試しに応募してみたらいかがですか。
まあ転職の求人については、
「必須」でなくても「弥生会計の実務経験者歓迎」など。歓迎要件があるものがあり、そういう場合だと、応募者の中に経験者がいたら、そちらを採用するかもしれないというのはありますが・・・
弥生会計でも勘定奉行でも、日商簿記の知識と経理の実務経験があれば、使うソフトが変わるだけなので、対応はできると想像します。