本当は別であるべきですが、
何故か基本給に含むと書いている契約書もあります。
以前は一旦経営側に支給された金額の内、半分以上を給与にあげる様なシステムだったりしたので、そのなごりなのでしょう。
民間の企業保育所は、営利優先のため、処遇改善手当の一部を運営費に回したり、平気でされても合法だったり、します。
公立保育所などは別で全額給付計上。
今は保育士の口座に直接自治体から別途振り込みをして貰える形もかなり進んでいますが、中途退職や産休、育休などの手続き上の問題があるため、なかなかうまく行っていないらしいです。