年末調整の申告書を出さない方が、評価に関わると思いますよ・・・
年末調整は会社の義務ですから、社員がそれを無視してたら、非常に困ると思います。あなたが還付金諦めるというだけでは済まないんです。
また、R6年分の扶養控除申告書を出さないと、来年から源泉徴収区分が『乙欄』になり、高い所得税を毎月引かれ、年末調整も受けられません。
パスワードを忘れてログインできなくなったなら、パスワードの変更再発行等の措置があるはずと思うんですけどね・・・
管理者権限のある上司しか対応できないのであれば、素直に謝ってお願いする方がいいです。