月間時間外60時間超、5割増し賃金の件でしょうか。
36協定とどうかかわるのかわかりませんが、法37条1項ただし書きに定めてあります。休日のうち、法定休日の労働を含まず、法定外休日労働のうち、法定労働時間(法32条)を超過した部分を含みます。休日のすべての労働がふくまれるわけでないのです。
いつが法定休日かは、拙者知恵ノートに詳述してありますので、参考にしてください。
なお、就業規則(支払規定)に、休日労働を含むすべての残業時間が月60時間に達したとき、と労働者有利にさだめてある場合、それはそれで有効です。その支払規則によります(民事効)。