不当雇用についての相談＋賃金の請求

Question

不当雇用についての相談＋賃金の請求まず最初に過去の出来事で有る事をご了承ください。
去年（２０１４/３/27~7月）の間に働いていた場所なのですが、月３７０～４００時間就業して月１２００００円の給料でした。（時給に換算すると￥３００）
そこの社長の話では「労働契約を結んでいないから労働基準法は無効」などと供述しておりました。
しかしながら、就業は「タイムカード」を打刻し、店舗での時間拘束、その会社の社長、他社員（１名）に使役されていたので契約をせずとも「事実上の従業員・労働実績」があると思います。

その場合、やはり賃金などはその区域による「最低賃金」の支払いと「残業代金、休日出勤」などの加算分も考慮されるべきなのでしょうか？。

実績としては「愛労連」なる労働組合に加入し、タイムカードのコピーと言った「証拠書類」の提出のしております。
さらに愛労連にて相談時に「夜逃げを促された」経緯もあり夜逃げしました。（生命の危機を感じて）

もうひとつ、辞めれなかった理由についてですが、単身で赴任したため、「引っ越し費用」として総額２０万円を借り入れしました。（働いていた会社に）逃げるまでには残金１８万で働いた最後の月（まるまる１カ月分）の給与は貰ってません。
実はこの借金のせいで「辞めさせて下さい」と懇願しても辞めさせてくれませんでした。
（このままここで働いていても借金を返すまでに時間がかかってしまう。身体が持たないので辞めさせて欲しいと相談。ここで働いてる半分の時間でコンビニなどで働いた方が給料が多いので早く返せる。など数字的な部分での相談も全て却下。理由は社長の言葉から「俺が許さない」でした。）

その後、このような出来事から引きこもり状態になってしまい相談など出来る状態にありませんでした。

時間も経過し、落ち着いてきた所で腑に落ちないところがあり、今回相談に至りました。

ざっと計算したところ、会社側の未払い分が４０～５０万程有るとわかりました。（最低賃金が適用され時間外、休日出勤、夜間手当などの二割五分増し分を足した場合）

出来る限り会社とやり取りをせず、請求などは可能かどうかが知りたいです。（モラハラ、パワハラ、二者択一による誘導尋問など受けた日の筆記による証拠、タイムカードコピー、「給与明細」と書かれた労働に関する証拠はあります）

Answer 1

加算分も考慮されるべきなのでしょうか？ ←当然です。
出来る限り会社とやり取りをせず、請求などは可能かどうかが知りたいです。←弁護士を雇い裁判をおこす以外ないでしょうね。不当かどうかは裁判の判決以外では決まらないことですからね。（労働基準監督署には不当かどうかを決める権限はありませんしね。）