外部人材派遣会社で派遣社員として戻る働いてます。

Question

外部人材派遣会社で派遣社員として戻る働いてます。派遣先の仕事で立替えた公共交通機関の交通費、出張に伴う宿泊費など 今までは立替金として給与で戻ってきましたが、インボイス後 会社より立替金ではなく所得扱いとして払うので税金が かかると言われましたが おかしくないですか？

Answer 1

そもそもは、派遣先と派遣元との話ですよね？
インボイス制度によって、公共交通機関以外（タクシーとか宿泊代）の立替金精算がちょっとめんどうになりました。
そこで、立替金ではなく派遣費用の追加として処理するように変更する事が多くなっています。以前からそうしている所もたくさんあります。

基本的に、派遣先と派遣元の話と、派遣元と質問者さんの話は別の話です。
これまで通り立替金精算として対応する事もできます。
そうではなく、インボイス制度の旅費交通費特例を使って、一種の出張手当のように扱う事もできます。
おそらく後者になるのでしょう。

さらに、出張手当は、別の回答者さんの回答の通り【所得税】の課税対象ではありません。
会社側は出張手当は【消費税】の課税取引として扱うので、おそらく説明した人の勘違いです。

Answer 2

実費相当額又は旅費規定に基づく支給額なら給与として支給しても非課税です

所得税法
（非課税所得）
第九条 次に掲げる所得については、所得税を課さない。
四 給与所得を有する者が勤務する場所を離れてその職務を遂行するため旅行をし、若しくは転任に伴う転居のための旅行をした場合又は就職若しくは退職をした者若しくは死亡による退職をした者の遺族がこれらに伴う転居のための旅行をした場合に、その旅行に必要な支出に充てるため支給される金品で、その旅行について通常必要であると認められるもの