自衛隊の航空学生は海と空は別になっています。
海上自衛隊航空学生3次試験は脳波測定があります。
国交省の航空身体検査合格すれば、自衛隊の航空身体検査と同じ基準なものは大丈夫だと思われます。
その辺は航空学生身体検査で検索すると出てくるので、国交省の検査基準と照り会わせてみてくたさい。
身体検査については最終的には医官が判定しますので。
ただ、航空自衛隊ならば3次試験の体験搭乗があります。
空中酔いしないこと。バランス感覚が良いことなどがあります。
詳しくは、地方協力本部の募集窓口へ相談してください。