これは報告するべき？

Question

これは報告するべき？部下の給料明細を見たら貰う資格のない手当が・・・

「住宅手当」→部下は世帯主ではない
「交通費」→近くに住んでる同僚より額が多い（車通勤）

これを部下に進言、部下は9年前の中途入社時に貰った「雇い入れ通知書」を持ってきました。
雇い入れ通知書には
「住宅手当」の支給もあるし、交通費も現在本人が貰っている額面が支給されると明記されてました。

就業規則には住宅手当は世帯主のみとありますし、交通費も住んでる地域によって額が違うと書いてあります。具体的な数字は車通勤の為明記はなし。

もちろん過剰需給なわけですから会社に報告して余剰受給分を返還となればした方が良いと思うのですが 腑に落ちない部分も多々あります

・就業規則と雇い入れ通知書の条件が異なっているわけですがこれはどちらが優先？
・部下の方に落ち度はあるのか？
・世帯主云々については住民票などで改ざん可能なのか？（部下はそんな知識ないはず）
・また以前は正社員で働いていた女性も住宅手当を貰っていたとのこと（彼女は結婚して現在は住宅手当は貰っていない）
・個人的に部下には悪意は全くないと思います。そもそも以前、別の社員に残業代が支給されなかったり、厚生年金を差し引いておらず、差し引いてなかった分を給料から天引きしたと言った「ずさん」な給与管理体制がありました。
・また、彼が入社した時の事業所の所長、副所長が現在退職していません。社長は当時と同じですが当時の所長や副所長に落ち度がなかったのか？この場合、責任は当人に来るのか？
・自分は雇い入れ通知書を貰っていません、別の部下も貰ってないと言っています。この辺の統一感のなさがこういった問題を起こしてるのか？とも思います。
・そもそも毎年年末調整や昇給による給与形態見直しなどでこう言ったことも見直したりわかったりすると思うのですがそう言った部分もいい加減な管理形態になってるのかな？と思ったりしてます。
・彼に落ち度があるとしたら、交通費の距離数や経路を勘違いして会社に提出したことでしょうが9年間もこの辺が放置されてるのはちょっと理解不能です。

上司として部下を守ってやりたい気持ちもありますが一歩間違えば犯罪者になってしまう可能性もあるので知恵が欲しいです。

Answer 1

契約内容に違法性が無ければ
（契約内容に違法性があると言うのは例えばどちらも最低賃金以下とか）

＞https://zangyou.org/workregulations-employmentcontract

↑労働者のメリットのある方

つまり今回で言えば雇用条件通知書の方が優先

従って問題ない

人道上どうなのかとかの話になるだけで
会社として他の社員にどうなのよってことにはなっても
とりあえず一切問題ない