現在双極性障害診断を受け、5月頭から休職している有期雇用の契約社員です。 精神疾患が理由での退職についての質問です。

Question

現在双極性障害診断を受け、5月頭から休職している有期雇用の契約社員です。
精神疾患が理由での退職についての質問です。今の会社へは1年半在籍しており、現在は4〜6月の契約期間で在籍しています。
現在の在籍部署が精神的に合わず在籍後1ヶ月経たずで体調を崩し始め、このままではまずいと思い部署異動を上司に依頼しましたが、契約期間が終わるまでの移動は難しいと言われていました。

そのまま体調が悪化し、医師に相談したところまず1ヶ月休職の診断書を出され、会社に提出。
6月中に復帰できるようであれば別の部署への案内をすると会社からは言われました。
私自身も復帰したい旨は最初から伝えていました。

その後、6月頭の通院では7月末まで休職の診断書を出され、それを会社に報告したところ、そのまま6月末で退職扱いになると言われました。

先週末、退職書類が届き、
その中に離職票を作成するための離職理由書が入っていたのですが、
記載されている内容は6月末までの契約満了退職でした。

退職書類の到着までも、
精神疾患を持っている私が出来ること
この場合は自己都合退職になるのか、または別の理由になるのかを調べ
結果として行き着いたところは「特定理由離職者」でした。

離職理由書の内容について「特定理由離職者」に当てはまるのではないか？と思い、退職のやり取りをしている上司に伝えたところ、
本日「結論、契約満了退職となります。」の内容のみでした。

私としては色々説明を省かれ結論だけ言われて納得できていない状態だったため
契約満了退職という結論に至るまでの詳細を伺いたいと伝え、上司からの返信待ちの状態となっています。

ネット上で色々なキーワードの組み合わせで調べても
会社が出した結論になる理由がわからず、
もしお分かりの方がいらっしゃれば教えていただければ幸いです。

また、今回のような退職の流れは初めてでして

①このまま会社の言う通り契約満了退職で離職票をいただく
②もし特定理由離職者に当てはまる場合、会社から発行してもらう離職票を変えてもらえるまで対応を続ける
③まず①の対応を取り、その後ハローワークにて異議申し立てを行う

この3点のいずれかに当てはまるのかと考えています。
現時点、会社からの連絡が来る時点で一時的に発作や拒否反応が出てしまいなかなかスムーズに動けない状態です。

また、こういった退職処理などでハローワークに行ったことがないため、③の場合のハローワークへ行くタイミングも教えていただければと思います。

知識がなく勉強不足の中での質問となりますが
お分かりの方いらっしゃいましたら教えていただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。