主計局の課長(主計官)はワンランクアップですが、あとは横並びです。 もちろん、同じ課長という役職でも、本省と地方の課長といった場合では、扱いは異なります。 本省の課長でも、総務課などの筆頭課長は10級(給料)で他の課長は9級といったことはあります。 結論、主計官を除いて、ランク違いはありません。
財務省主計官を除けば、基本的には職務の級別に格があります。 例えば行政職俸給表(一)10級ポストのA省本省の課長と行政職俸給表(一)9級ポストのB省本省の課長では、A省本省の課長が格上です。 また、一部例外を除いて、外局の○○庁の課長よりも本省の課長の方が格上になります。
権限でいえば、財務省の主計官(課長級)が大きな力を持っています。実際に予算案を作成するのは彼らです。 あとの省庁の課長級は特に何か見当たるものはありません。
比較をそもそもしませんからどちらが上などということは無いです。
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