スギ薬局で働いてた者です。
「バーコード決済での返品の場合、返品した分のPayPayなどに還元されたポイントなどはそどうなるでしょうか?」
返品すればポイントは再び元に戻ります。
バーコード決済の返品はややこしくて1つだけ返品する場合でも一旦全返品しなければならないかと思います。
何故か単品で返品作業が出来ないのが不便です。
クレジットカードは取引検索で現金で返すことが出来ますし、IDやクイックペイなど電子マネーは取引検索ではない別のボタンを押して(名前は忘れてしまいましたが)現金で返せるのでまだ簡単かと思います。