扶養控除等(異動)申告書に記載された内容の確認は、どうしたらいいのでしょうか？

Question

扶養控除等(異動)申告書に記載された内容の確認は、どうしたらいいのでしょうか？工事会社で、経理・総務全般をしているのですが、今年、税務調査が入り、
下請けの労務者Ａの源泉をするようにと、指摘されました。
指摘された労務者Ａというのは、一人親方で、弊社専属で他社からの支払いはないよう

です。
前回の税務調査の際に、労務者Ａが確定申告をしていないことが発覚し、３年分追徴税を支払ったようで、
今回の調査員は、労務者Ａへの支払額を確認し、申告の有無を調べていました。
その結果、申告額が弊社の支払額よりも若干少なかったらしく、弊社専属であれば、
源泉徴収後、年末調整をするようにと言われた次第です。
（申告額が少なかったのは、社内旅行の積立として毎月2000円預かっている分と、
振込手数料105円を差し引いて支払っているので、支払われた額で申告しているのでは・・と思います。）
そこで、労務者Ａに扶養控除等(異動)申告書の提出をさせたのですが、
配偶者と同居している実母と、子供２名が申告されました。
配偶者と実母はいいのですが、問題なのは、子供２名で、年齢が２８歳と２５歳で、
学生で同居しているということなのです。
というのも、今年３月か４月ごろ、東京の不動産会社から、
「労務者Ａはいらっしゃいますか？」という、勤務状況の確認の電話があり、
そのときは、「あぁ、子供さんが東京で部屋を借りたので、保証人の確認かな？」と思って、
「現場に出て、留守です。」と答えると「また電話します。」と言われて、
その後、かかってきませんでした。
また、労務者Ａと一緒に現場に出る社員の話によると、
「子供たちは東京と大阪にいる」と聞いているそうです。

この場合、このまま提出された扶養控除等(異動)申告書を元に源泉事務をしていいのか、
たとえば、在学証明とか所得証明等の提出をさせるべきなのか迷っています。
よろしくお願いいたします。

補足

syo_kennnさま、ご回答ありがとうございます。
私の説明不足で申し訳ございません。
労務者Ａは元々別会社にいて、その会社が廃業する時に、
弊社で雇用することになり、弊社側から正社員の話をしたところ、
｢自分で仕事を持って来た時には手数料が欲しいので、
現状のままで・・｣と言ってきたそうです。
国保のために住民税の申告だけはしてあるようで・・・
以上のことから、社員だと思っているとは、考えられないのですが・・。

Answer 1

間違いをしたくなえれば事実を確かめることですね。同居かそうでないかでは控除額が違ってたと思いますし。

気になるのは労務者Aさんが一人親方扱いの方ですね。確定申告をしない知らない？ぐらいの人であれば、税務調査が入るまで自分は社員だと思っておられたりしてませんか？そう言った雇用に関するトラブルが多く、貴社に誠意がないような気がします。又はわかってて税金踏み倒す？嘘を書く？なら相当の人ですが。

社員だと誤解していないであろうことは理解しました。貴社に誠意がないなどと書いてすみません。

２８，２５歳の子どもの扶養控除は一般の控除対象扶養親族に該当しひとり38万円で同居か同居でないかは関係ありませんでした。（本人が提出した同居というのは住民票を動かしてないという意味かもしれませんね）学校名や学部を聞きとるだけで信用できるのであれば証明まで必要ないかと思いますが、年齢的に28歳で学生といわれるとやはり特殊かなと思うので何らかの証明をとられてきちんと証明できるようにしておいたがいいと思います。

以下杞憂かもしれませんが、
税務署に言われたので会社でされるのはわかりますが、外注さんであれば本来自分で確定申告すべきで、会社が源泉するとやはり会社と雇用関係があるように見えてしまいますが、税務署はそれでいいのかもしれませんが事故やけががあった時その人に会社の労災保険は使えないはずなので、監督署的に何かあった時、源泉徴収までしていると雇用形態を疑われそうな気がします。特別加入されていればいいかもしれませんが。