給与に関して、お支払いされないということは違法になる為、ありえません。
しかし、会社から手渡ししか対応できないと言われた場合は、会社に支払う意思があり、法的にも問題はありません。
そのため、退職代行に依頼された場合振込み希望の旨をお伝えすることは可能ですが対応は会社次第となるかと思います。
これはあくまで手渡しでしか対応できないと言われた場合の可能性の話です。
詳細は以下の記事にも記載がございますので、ご確認いただければと思います。
https://www.alba-tross.jp/alblog/income/