本省とは違うのは他のかたのいわれるとおりです。 税関固有の状況となると、私が在職した7年前の体験しかありませんが多分今も同じです。 人によってばらつきが多いですが、総務部、各部管理課、審理部門は超勤がおおいですが全体的には、それほどありません。
どこでもそうでしょうけど、本省と出先では全く別物と考えたほうが良いと思います 国家公務員というくくりで以下参照 https://www.jinji.go.jp/content/000002002.pdf
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