50代現役公務員です。 結論から申し上げますと、国家公務員総合職採用(キャリア組)の方が権限や出世などで優位になります。 例え外局や機関採用の技術系総合職(技官)などでも、当該外局や機関の審議官級(指定職)ポストまで行くことは充分に可能ですが、本省採用の一般職だと同様のポストまで行くことは極めて稀です。
国家公務員採用試験は、試験自体は一括で行われていますが、採用後のキャリアパスは府省庁ごとに異なります。 本省と外局というのは、例えば国土交通省と気象庁という意味だと思いますが、単純に比較してどちらかが優位ということはないです。
その他機関というのは地方機関ということなんでしょうか? 地方機関採用のキャリアはいないと思われます。 中央で採用だけど、諸事情で地方機関配属というのは聞いたことがありますけど・・ でも キャリアはキャリア ノンキャリはノンキャリ でしょう
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