人それぞれだと思いますね。会社にはそれぞれ企業理念とか方針とかがありますので、それと自分が「こう働きたい」と思うビジョンが一致したところがベストだと思います。
とは言え、JRと言えば日本で知らない人はいない大鉄道企業ですから、そこへの就職が一種のステータス?になる事は事実かと思います。
私鉄に就職するメリットですが、自分がその会社の企業理念や会社方針を気に入れば、JRで働くより働きやすく感じたり、働いてて楽しいと思えることもあるでしょう。
また私鉄は沿線との地域密着といった点を売りにしている会社が多いですから、それが魅力に感じれれば魅力です。