通常は使われないと思います。脳死判定や臓器移植できる医療機関は大体空港や新幹線などの幹線交通機関からそれほど離れていませんから空路や新幹線で搬送したほうが結果的に早いと思いますよ。
現在の移植技術ではドナーから臓器を摘出してからレシピエントへの移植(血液循環が止まっている時間)が4時間が限度と言われています。 なのでドナーやレシピエントの距離や交通機関など沢山のことを勘案し搬送方法が決まります。(移植コーディネーターという職があります) 例えば東京と九州間では飛行機しか選択肢がありません。また通常の便では時間が調整ができませんので一機をチャーターします。 この場合の搬送や移植費用はおおよそ700万程と言われており、レシピエントが支払う必要があります。 しかし、自治体などにより助成がありますので自己負担額は不明です。 詳しくは日本臓器移植ネットワークのホームページに記載されていますよ。
実際、高知空港から伊丹空港への心臓の搬送に高知県消防防災航空隊が所有する防災ヘリコプターが使用されています。たぶん、手続きが面倒ですが自衛隊のヘリも使えるはずです(県知事などの許可が必要)。
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