>制度はありますよってだけなのでしょうか?
その可能性はあります。
私は民間ですが大手企業の障害者雇用で20年以上働いていますが、私のケースは最初から正規雇用で雇われました。
しかし約10年後に同じ部署に障害者雇用で入社した男性は、現在も私と同じところにいますが嘱託として10年以上雇用されています。
私と何が違うのかは分かりません(学歴かもしれません。私は国立大卒です。)が、仮に「登用制度があるから~」と言われて入社したのだったら彼も質問者様同様「制度があるよ。というだけ」で入社してしまったのかもしれません。