派遣社員です。キャスティング◯ードに登録して4年目です。通勤費について教えてください。

Question

派遣社員です。キャスティング◯ードに登録して4年目です。通勤費について教えてください。登録当初「通勤費別途支給」でしたが、2021年春から「時給に37円含む」に変わりました。その年派遣先が都内から都外に移転した為、通勤時間90分かけて通勤しており、定期代が1ヶ月27,000円程掛かります。時給内の37円✖️勤務時間プラス足りない分は「課税交通費（通勤手当）」という項目で別途支給されています。なので交通費は満額出ていますが、課税対象なのです。

派遣会社へは、時給に含まれる37円は課税でいいので別途出ている交通費は非課税にして欲しいと2年間に渡り訴えて来ましたが受付けてもらえません。
派遣会社曰く、
「労使協定の中で、時給に交通費を含み、その交通費は課税であると定めている為に現在支給しております交通費については課税となっております。」との解答。
労使協定も本来は全員が見れるようにするべきものでしょうが、メールで送られてくることも、HPで閲覧もできない状況でした。
（今は分かりませんが）

自分なりに調べて通勤手当証明書を発行してもらえたので確定申告に行ってみましたが、税務署では源泉徴収票を会社が書き換えなければ認められない，との事。
どこに相談しても（労基、国税庁など）普通は通勤費は非課税だとか、一般か答えてくれず、何か経理上の処理でカラクリがあるのかも？と言われて八方塞がりです。
交通費が所得となる為，住民税や社会保険にも大きく影響が出ます。
希望は遡って通勤費を非課税にして欲しい。修正申告したいです。（不可能かもしれませんが）ただ，先のことを考えると何とかしたいです。
となたか方法ご存知の方教えて下さい。
また、相談するなら何処でしょう。行政指導して欲しいです。
※通勤費が課税対象となるのは，会社の経理上の問題なのは

Answer 1

相談するとすれば、労働基準監督署しかありません。
通勤費の件だけでなく、労使協定がメールで送られてくるとか
HPで閲覧もできない状況だとか、労働者に不利な条件で
労働契約を締結させられている、といったように、
相談することでしょう。