土日の深夜残業が平日残業として加算され指摘したところ翌月給与で差額支給されましたが、確認したところ対応に違和感あり本当に…

Question

土日の深夜残業が平日残業として加算され指摘したところ翌月給与で差額支給されましたが、確認したところ対応に違和感あり本当に正しい金額か知りたいです。総務/人事に依頼してたはずが、修正対応したのが給与計算全くの担当外の上長にされたので会社に不信感があります。
大きくない会社ですので給与計算は外注の社労士事務所に依頼しているようですが間違い珍しくなく、社内にも給与計算の知識ある人間がいません。
どのように給与計算行われているのかわかりませんが、社労士が給与計算行っている実態ではないと感じます。
Excelの勤務表から勤務時間を算出していると推察しますが、総就業時間、早朝深夜勤務時間の2項目でしか時間集計しておらず休日の時間が集計されているか謎です。
就業規則等に影響されるところもあるとは思いますが、修正で支給された差額見る限り休日に関する加算なさそうに見えるのですが、以下の場合は休日の加算はつかないのでしょうか。

・計算があやしい箇所
12/15（金）：13:00-21:56
12/16（土）：13:00-0:00
12/17（日）：0:00-23:02（7:00-16:00の9時間休憩）
法定休日：日曜

・給与明細にあった項目
9時間55分の平日早朝深夜勤務時間支給額：33,748
（上記土曜の2時間、日曜の6時間2分を含む）
→修正後差額支給：2,000

補足

・変動する手当除くと賃金380,000（基本給340,000+固定手当40,000）
・月平均所定労働時間は160時間
・土曜分は振替休日、日曜分は代休を取得
※ただし勤務表で代休の項目がなく選択できなかったので勤務表上は両方振替休日

Answer 1

時間数と割増賃金額が計算が合わないのですが、就業規則で法定外の割増率設定してるとか、これ以外の時間外勤務はないですか？
また、手当の内訳は分かりますか？
それと、勤務時間の端数の扱いはどうなってますか？

それはともかく、休日労働と振替休日は明確に異なるものであり、法定休日に労働させておいて後から振替休日扱いにするのはアウトですね。
となると、あなたのおっしゃる通りなら休日労働分の割増賃金をつけてなければ違法となります。
https://www.vbest.jp/roudoumondai/columns/5314/