両方経験したことのある者です。
病院の業務形態と主様の性格にもよるかと思いますが、私は病棟クラークの方が気持ち的に楽でした。
理由としては、医療事務だと内部を知らない患者さんから待ち時間等でクレームを言われることが多かったのですが、病棟クラークでは基本的に看護師や医師等内部事情を知っている人間と関わることが多かったので普通に仕事をしていれば怒られることもなかったですし病棟クラークの方が楽だなと感じました。
ただ病棟の看護師がすごく性格が悪く当たりが強かったりする病院もあるみたいなので本当に病院によると思います。