今まで3個程バイトをしたことがありますが(全て交通費支給)一度もそのようなことを言われたことも税金を払ったこともありません。軽く調べてみましたが、車両や自転車などの交通用具(車やバイク、原付、自転車等)で通勤する場合は通勤距離で非課税限度額があり、この場合は質問者様が仰る通り通勤距離が片道2km未満である場合は『全額課税』になります。 しかし公共交通機関を使って通勤する場合は運賃全額が非課税になります。(1ヶ月15万円が上限金額になりますが、質問者様には当てはまらないので非課税になるはずです) 質問者様は電車を使われるようなので上記の『公共交通機関』を使った通勤になるので課税対象にならないかと思われます。私自身、公共交通機関を使って今までバイトや今の勤務先にも交通費を支給してもらって行っていますが課税されたことはありません。
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