基本的には別ですね。 元々「組み込み」というジャンルがありまして、例えば炊飯器内蔵のマイコンのプログラムなんかがそれです。 そういう機器は今まではネットワーク接続機能がないのが普通だったんですが、昨今のチップの進化で、小型のマイコンでもネットワーク接続機能を持たせることが出来るようになりました。 ですので、例えばトラックの位置や運転状況をリアルタイムで監視・追跡するシステムの、各車両に搭載される機器がIoTと呼べます。そういうシステムを作る場合、システムエンジニアは全体の設計を行う人、IoTエンジニアは端末機のプログラムの開発をする人、という分担になります。
システムエンジニアは、基本的にソフトウェアしか扱いません。一方で、IoTエンジニアは、ハードウェアの知見も必要になる場合が多いので、一種とは言えないですね。ITエンジニアの一種であることは間違いないですが。
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