あると言えば、あります。 どちらも試験区分を選んで受験します。 例えば、「工学」区分を受けるのに、経済学部出身者と工学部出身者では身に付けている知識量に差があるため、工学部出身者の方が有利です。 他の区分を受けるとき、例えば「経済」区分を受けるなら経済学部出身者が工学部出身者より有利になります。 どれにも当てはまらない音楽学部など芸術系学部だと、一から勉強をしなくてはならない部分が大きいので不利になります。 また、一般職の技術系職員の中には、資格・免許が必要な職種も有ります。その場合には、その資格・免許が取れる学部学科に在籍し取得見込みが無いと、受験資格すら得られません。 例えば、農林水産省の獣医系技術職員(一般職で総合職(院卒者)相当)は獣医師免許が必要です。つまり、獣医学部などで免許の取得見込みが無ければ(もしくは既卒で取得済み)、受験できません。
総合職についてですが、少なくとも二次試験の面接までは関係ありません。二次試験の人事院面接では学歴が分からないように受験者、面接官ともに話すこととなっています。官庁訪問~採用までは関係ないとは言えないでしょう。
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