まずご指摘のとおり、二次試験の前の官庁訪問で内々定を頂いても二次試験で落ちる可能性はあります。
官庁訪問は二次試験の前から行われているというのは、各省庁が開催する業務説明会のことかと思います。
基本的に志望する官庁については、業務説明会に行くことはmustです!
業務説明会にも行ってもいない省庁に初日から官庁訪問しても正直無駄です。
この業務説明会が曲者で、省庁によってはそこで優秀そうな受験生をチェックしているところもいるみたいです。
人事担当者から説明の際に積極的に質問している受験生などもチェックしているところもあるみたいです…。