・命令する側とされる側という意味での上下に準じて考えるならば、どちらの方が立場が上なのでしょう?
各省庁の事務次官は、あくまで”事務方のトップ”であり、指揮命令権は有りません。
統合幕僚長は、内閣総理大臣、防衛大臣(又は副大臣)の指揮下にあります。
https://www.mod.go.jp/j/profile/mod_sdf/
・どちらの方が社会的地位が高いのでしょう?
これは同列で論じる事は出来ません。
事務次官職は、実質的にその省庁の取り纏め役ですし、統合幕僚長は国防の実力組織を率いています。
双方とも、重要な役職です。