元採用担当のおぢさんです。
どちらかに完全な優位性があるわけではありません。一長一短なので、あとはあなたの人生の選択ということでしょうか。
相手が負担してくれる経費を少しでも削減しようという姿勢は評価してもらえる可能性はあるでしょう。ただし、LCCは通常の航空会社に比べて遅延・欠航率は高いといえます。日程に余裕を持って移動するのであればLCCは良いのですが、ギリギリで移動するのなら多少余分にリスクを抱えることとなります。まぁ、大手でも欠航するときはしますので、空路は余裕を見て移動する必要があります。