メーカーにも色々なメーカーがありますので一概には言えませんが、店舗で消費者に小売する商品のパッケージであれば、プロのデザイナーに外注するのが一般的だと思います。
もちろん、商品コンセプトやカンパニーポリシーみたいな物は事前に良く打ち合わせますし、ラフスケッチを渡して依頼する事もあります。
もしそこまで頑張らなくても、最低限のデザインで構わないという場合、包材メーカーへお願いするケースもあります。これは比較的安く済む方法です。
いずれにせよ素人の考えたものは、やはりどこか素人臭さが目につきますので、そのまま商品化されるケースは少ないと思います。