企業にもよります。
私の場合、学部や研究室宛に1月中旬〜2月にかけて企業からの推薦が出揃いました。
その中から教授の推薦を貰い、学内選考を経て、実際に採用選考を受けたのは2月下旬でした。
選考は二次まであって、内定が出たのは3月下旬だったので、自由応募で5社程度のエントリーは済ませる必要がありました。
キャリアセンターからは理系でも推薦での内定率は50%と言われていたので、リスクヘッジとしてのエントリーです。
要するに、企業によって推薦の時期が多少違うので、自由応募での就活が出来るのかはケースバイケースですね。