4年制の学科が設置されているのは国立中心です。おおよそはそのまま大学院に進学して修士課程を修了するのが普通です。 そのあとは製薬会社、化学会社、化粧品会社等の研究職/開発職として就職することが多くなります。 昔薬学部が四年制の頃、私学は4年で卒業して薬剤師、国立は卒業後さらに大学院に進学して薬学その他の研究者へという棲み分けがありました。その名残のようなものですね。 ちなみに東大薬学部は80人中6年制は定員8人、4年制が72人となっています。6年制は廃止したらどうか、という意見がかなりあるそうです
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