国家行政組織法第一条により、国家行政組織法では内閣府以外の組織について定めることしています。
内閣府は個別に内閣府設置法によって定めているということです。
平成11年に中央省庁等改革の一環として、内閣機能の強化のために作られたとのことです。
内閣府を他の省庁等と同じ扱いにすると「内閣機能の強化」には不便だということでしょうね。
詳しく知りたいのであれば、平成11年ごろの関連法案に関する国会の議事録を追ってみるとよいでしょう。
国会図書館に国会会議録検索システムがあります。
http://kokkai.ndl.go.jp/
