こんにちは。
フリーランスエンジニアです。
私もエージェント使ってます。
まずエージェント使ってるエンジニアとそうでないエンジニアどちらが多いかというと分かりません。ただ、年々エージェントを利用しているエンジニアは増えてきているとは思います。レバテックとかCMで聞いたことないですか?
ちなみに客側はエージェント使ってるか使ってないかとかほとんど気にしてないですよ。見られるのは当人の実力で、駄目なら切られるだけです。
あと将来性はエンジニアならそんな心配する必要はないと思います。ちゃんとキャリアがあれば正社員に転職することも容易ですしね。