【プレミアムインターン】なるものが存在しながら識別的に【地方支店インターン】があるのならば、当然ながらそこに優劣があると思いますよ。
そう考えるのが普通で、ご自身が採用側の見地で考えてみて下さい。
総合職として志が高い人材が【プレミアム】に応募して、地方限定職希望者が【地方インターン】に応募してくるだろうなと容易に推察出来ますよね。
地方支店インターンの中で優秀者で尚且つ本社総合職希望者に限って、プレミアム組との比較の土俵に推薦されるようなこともあるのかもしれませんが、可能性としてはそういうことだと思います。