公務員扱いになるのは、まず国立研究機関。たとえば警察庁の科研、厚労省の国立医薬品食品衛生研究所など。国立医薬品食品衛生研究所の公募で採用された科学者は厚生労働技官・研究職、という公務員になります。地方自治体の研究所の職員なら地方公務員。 次に、理研のような国立研究開発法人で働く科学者のうち公募で採用された科学者は単年度契約の任期制職員で、世間的には公務員とみられる事が多いですがちょっと違う。国立大学もまぁ公務員扱い。 私立大学の研究職は公務員ではなく、その大学法人の職員。 その他、国際機関の研究所、いくつかの企業が出資した財団の研究所の研究者も公務員ではありません。 「政府の仕事を受けて研究している」場合でもそれが民間の研究所が受けている、ということはよくあります。その場合は当然民間の研究所職員ですから、公務員ではないのです。
科学者の勤め先が公的機関なら、公務員です。 民間なら、公務員ではありません。 研究機関といってもいろいろあります。 国立や県立の研究機関なら、公務員。 それ以外に、 一般社団法人などが設立した公益性のある研究機関、 民間企業が設立した研究機関などがあります。
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