http://www.jmra.or.jp/faqs_tag/reject
に掲載されています。
学科試験に不合格の場合は
各試験には合格有効期間があり、身体検査は1年間、学科試験・実技試験は2年間です。
この期間内であれば身体検査・実技試験は「省略」となり受験の必要はなく、学科試験に合格することで総合合格となります。
この場合の試験手数料は学科試験料のみです。
つまり2年間の間に再受験して合格となれば申請手続きして交付されます。
詳しくはJMRAのサイトで確認すれば良いです。
http://www.jmra.or.jp/