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卒業大学はあまり関係無いと思います。国家総合職試験をいかに上席で合格するかだと思います。合格者の内省庁に採用されるのは1/3程です。近年成績開示はされないそうですが、雇用側にとって大切な判断材料ですので何らかの方法で分かると思います。装備庁で防衛技官として勤務している息子に聞きましたが部所の希望は聞いてはもらえますが、大学の学部や学科が重要視されるそうです。参考まで。
大学で決まるわけではなく当人次第。 地方国立なら結構実績があります。 要するに国家公務員試験に受かるかどうかです。研究職は院卒が主体。 中途採用もあり、13〜15年専門分野の経験が必要です。専門的な難関資格が有れば有利になります。 詳しくはこちら。 https://www.mod.go.jp/atla/saiyou/index.html
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